Homepage Volker Kiefel

Freie Software für Studium, Forschung und Lehre

Für eine Vielzahl von Fragestellungen existieren neben kommerziellen Softwareprodukten z. T. hochwertige "freie" Softwareprojekte. Bei den folgenden Links liegt der Schwerpunkt auf freier Software, die in der Regel für viele Rechnerplattformen entwickelt wurde und auch in Versionen für Windows-Systeme verfügbar ist. Der Autor dieser Webseite hat die genannten Software-Pakete (zumindest zeitweilig) erfolgreich benutzt, kann ein Funktionieren der gennanten Software-Pakete nicht garantieren.

Erzeugen, Anzeigen, Drucken, Bearbeiten von PDF- und PostScript-Dokumenten

• Sumatra PDF, ein PDF- und Postscript-Dokumentbetrachter für Windows
• Zathura, ein PDF- und Postscript-Dokumentbetrachter für Linux-Systeme
• Software zur Bearbeitung von PDF-Dateien: pdftk, deutsche Dokumentation von S. Lagotzki
• Software zur Bearbeitung von PDF-Dateien: pdfjam (Voraussetzung: Linux+TeX-Installation mit dem pdfpages-Paket)
• Auf Linux/Unix-Systemen stehen in der Regel xpdf, gv/Ghostscript und (auf Gnome-Desktops) Evince zur Verfügung.

Statistik-Pakete, Grafik (Diagramme), RDBMS, Computeralgebra

• R (GNU S), eine Arbeitsumgebung für Statistik und Graphik. Download über das CRAN (Comprehensive R Archive Network). Ein "Kochbuch" (V. Kiefel, aktualisierte Version 04.03.2018): Erste Schritte mit R für Praktiker in den Biowissenschaften (HTML), mit elementaren Beispielen aus Biologie/Medizin zum raschen Einstieg in R. Datensätze aus "The Basics of S and S-PLUS" (Krause/Olsen, Springer Verlag, 2. Aufl.) in einer R-Installation finden.
• Software zum Plotten (2D, 3D) von Funktionen und (experimentellen) Daten Gnuplot, Download per FTP. Eine Windows-Version ist von der gnuplot Projektseite herunterzuladen.
• Pari/GP: Computeralgebrasystem
• Scilab: Software-Paket für numerische Anwendungen, inoffizielle Dokumentation: Scilab-Seite der Australian National University
• Software zum Vektorisieren von Pixelgrafiken: potrace
• Programm zum Konvertieren von PNG/JPEG-Grafikdateien in das EPS-Format: bmeps.
• ImageMagick: Software zum Umwandeln von Bitmap-Grafiken; Kommandozeilen-Interface, jedoch extrem leistungsfähig!
• Photo und Bildbearbeitungsprogramm gimp, gimp für win32.
• Leistungsfähiges Vektorgrafikprogramm: Inkscape
• Relationales Datenbankmanagementsystem: MySQL.

Textsatz, Textverarbeitung

• Open Source Office-Pakete: LibreOffice und OpenOffice.org.
• Textsatz: TeX/LaTeX-Systeme
• Texteditoren werden zum Schreiben von reinen Textdateien benötigt. Beispiele sind Notepad auf Windows-Systemen und der auf Linux verbreitete Nano-Editor. Eine kleine Auswahl sehr verlässlicher Texteditoren findet such auf dieser Seite.
• Umwandlung von Textdateien zwischen DOS/Win32 und Unix in beide Richtungen (betrifft die Kodierung der Zeilenenden CR/LF [DOS] LF [Unix]): tofrodos (ähnlich unix2dos, dos2unix)
• "Spelling-Checker" (Rechtschreibprüfprogramm): Ispell, die relativ neue Win32-Implementation findet sich hier. Aspell: für diesen ist eine etwas ältere Win32-Implementation verfügbar. Eine neuere win32-Version ist auf der Seite "software compiled for win32 systems" dieser Homepage verfügbar. Vim enthält seit der Version 7.0 eine eingebaute Rechtschreibprüfung. Für Emacs auf win32-Systemen empfiehlt sich die Installation von Aspell.
• Bibliographie-Software (Open Source): References.

Bioinformatik

• BioPerl-Projekt
• Liste von Bioinformatik Software-Paketen
• REBASE: The restriction enzyme database
• Eintrag zu Bioinformatics in Wikipedia

Compiler, Interpreter für Software, die selbst geschrieben oder im Quellcode beschafft wird

• Eine Windows-Implementation des C/C++-Compilers GCC: MinGW.
• Eine Windows-Implementation der Skriptsprache Perl (ActivePerl), weitere Informationen und Materialien zu Perl: CPAN. Weitere Win32-Implementationen von Perl. Wichtige Perl-Webseiten: www.perl.org, www.perl.org, Newsgroups: comp.lang.perl.misc, perl.beginners, comp.lang.perl.modules, de.comp.lang.perl.misc.
• Eine freie Pascal-Implementation ist Freepascal.
• Die GNU-Implementation der Skriptsprache AWK (GAWK): Quellcode der aktuellen Version (gawk-3.1.6.tar.gz) verfügbar per FTP, mit der MinGW-Implementation des gcc kompilierte ausführbare Dateien für Win32-Systeme (gawk.exe, pgawk.exe). Es existiert eine weitere Win32-Version, die im Rahmen des Gnuwin32-Projekts veröffentlicht wurde. Eine Dokumentation von gawk ist online verfügbar, eine weitere ausführliche Beschreibung stammt von T. Birnthaler. Das von B. Kernighan entwickelte ursprüngliche AWK gibt es ebenso in einer Win32-Version.
• Skriptsprache Python (mit Win32- Implementation)
• Skriptsprache Lua (Win32-Implementation)

Verschiedenes

• Web-Browser, Mail-Programme: Firefox, Thunderbird, Seamonkey (Folgeprojekt der Mozilla-Programmzusammenstellung).
• Freie Archiverungssoftware für das Zip-Format Info-Zip.
• Kommandozeilen-Software zum Downloaden wget, Implementation für Win32 (wget-N.N[.N]b.zip und ssllibsNNNb.zip werden benötigt); eine komplettes Archiv (mit dlls) findet sich in wget-1.9.1b-complete.zip; Dokumentation von wget.
• FTP-client mit grafischer Oberfläche Filezilla,
• FTP-client mit Kommandozeilen-Oberfläche ncFTP,
• Kommandozeilen-Software für den Dateitransfer cURL (geeignet zum "Upload" und "Download").
• HTML-Validierungstool Tidy.

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